本校金門校地已完成無償撥用，合計取得18,324.47m2之校地，首先要興建的工程，以滿足目前已成立六年的金門教育中心各學制班級教學的需要為優先。是故，近期內預計興建的校舍有二棟，包括教學行政大樓與學生宿舍。後續隨著金門教育中心各學制不斷地擴張，配合學生人數成長的速度，將逐步擴建所亟需的建設，包括圖書資訊之軟硬體建設以及運動休閒場館等。將本校的教育資源跨海分享到離島偏鄉的居民，為了縮短城鄉落差，並回饋金門長期對國家之犧牲奉獻；同時協助台商人才培訓。

107學年度清華金門教育中心在金門地區首創跨院國際博士班，成為在金門首先創設博士班的高等學府，補足金門有史以來沒有博士班的缺口，讓金門成為台灣地區三個離島中首個完全教育島(從幼兒園到博士班皆有設置的離島)，接續將繼續朝跨院國際碩士班的方向努力，並配合政府新南向政策，吸引東南亞優秀的國際生與僑生前來就讀清華金門教育中心的跨院國際碩士班，透過學生教育的養成，以發揮台灣在東協十國的影響力。

目前正進行「金門教育中心校園整體規劃暨智慧教學大樓可行性評估」作業，計畫辦理：1.金門教育中心校園整體基地鑑界/粗整地/測量。2.金門教育中心校園整體規劃(含公共設施規劃)。3.金門教育中心智慧教學大樓可行性評估。